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物种基因组类：

Coge plants：https://genomevolution.org/wiki/index.php/Sequenced_plant_genomes

Phytozome：https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html

ENSEMBL Genome Browser：http://asia.ensembl.org/index.html

Plaza：https://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/

TAIR (Arabidopsis)：https://www.arabidopsis.org/

Popgenie v2.0：http://v2.popgenie.org/

Populus trichocarpa v1.1：https://mycocosm.jgi.doe.gov/Poptr1_1/Poptr1_1.home.html

sPta717 Genome：http://aspendb.uga.edu/index.php/databases/spta-717-genome

RGAP：http://rice.plantbiology.msu.edu/

KEGG (pathways and compounds)：https://www.genome.jp/kegg/

系统进化类：

Tree of Life web project：http://www.tolweb.org/tree/

Timetree - species divergence times：http://www.timetree.org/

Phylogeny software：https://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html

Mesquite：http://www.mesquiteproject.org/

进化树显示分析软件：Dendroscope

FigTree：http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/

IQTREE Web Serve：http://iqtree.cibiv.univie.ac.at/

基因、蛋白结构类：
外显子-内含子结构：WormWeb.org - Exon-Intron Graphic Maker：http://www.wormweb.org/exonintron

ExPASy tools：https://www.expasy.org/

MEME：https://meme-suite.org/meme/

基因结构展示：GSDS2.0: Gene Structure Display Server

基因外显子内含子，UTR，注释：AUGUSTUS：http://bioinf.uni-greifswald.de/webaugustus/prediction/create

密码子偏好性： Codon Optimization On-Line (COOL);

Codon Optimization Tool：Integrated DNA Technologies;

蛋白质亚细胞定位预测：TargetP-2.0 Server：http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/

Softberry：http://linux1.softberry.com/berry.phtml

BioEdit：http://www.bioedit.com/

蛋白质一级结构分析：PredictProte：https://www.baidu.com/link?url=lNw08Rwu2mC19M8-RsQiYd8UekzZjW9QBTb3Lrk3q1Xu1uPhCV1CcRKyLOmV682T&wd=&eqid=e305a8ae0000d1000000000560862bc9

蛋白质二级结构分析：SOPMA：https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html

蛋白质三级结构预测：SWISS-MODEL：https://www.baidu.com/link?url=svx3UyDfpe8mzxLMv5fqkk6J1ZVJAaU0BhqGEGQmkMiL7x-HRNs5qsexYu3UKVMq&wd=&eqid=b141ffba0001f4180000000560863119

蛋白质磷酸化位点预测：NetPhos 2.0：https://www.baidu.com/link?url=9PSqi3ZVAuzmDrAkHVEq17i5xKeZZ_L5ekqvq9bDQ4UBDPMiGMFGa2VVmmtPoQRaMAMwmDOl6sLtMjmWlJBxf_&wd=&eqid=cc2289c600013bf10000000560862ce8

SMART：http://smart.embl-heidelberg.de/

蛋白突变位点注释：MutationMapper: interprets mutations with protein annotations

真菌效应蛋白预测：EffectorP: predicting fungal effector proteins from secretomes using machine learning

启动子、表达谱、互作网络类：

CREP：http://crep.ncpgr.cn/crep-cgi/home.pl

Athamap - Arabidopsis TFBS：http://www.athamap.de/

DIP: Database of Interacting Proteins：https://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Main.cgi

STRING: Retrieval of interacting genes/proteins：https://string-db.org/

Promoter Scan：http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/

植物启动子/转录因子分析：PlantPAN 3.0：http://plantpan.itps.ncku.edu.tw/

信号肽预测：SignalP-5.0 Server：https://www.baidu.com/link?url=fpTY4pNQy0seexyQQbA2diK-Oss_qrWMZlROEFYWhUsLg9gomQV4h1a54jctYe8ouCWjd_lVbSekj6cClF2NiK&wd=&eqid=b7faf27c000056b10000000560862d32

跨膜结构域预测：TMHMM Server v. 2.0：http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/

短序列拼接：Cap3：https://www.baidu.com/link?url=i-9KibheGUSc0KUDuFUaMBfweG6LEcxRD4MyhB6I1NV82OcJcLHTLWQNXXTGVmzf&wd=&eqid=aa942b5f0001ce930000000560862fcb

序列格式转换：EMBOSS Seqret：http://emboss.open-bio.org/rel/rel6/apps/seqret.html

启动子元件预测：Plant CARE: Search for CARE：http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/

生信分析类：

ooTFD：http://www.ifti.org

韦恩图绘制：Venny2.0：https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

Jvenn：http://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html

DNA、RNA、蛋白的多序列比对：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/

ClustalW2：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/

多序列比对可视化：MView: A multiple alignment viewer or AlignmentViewer：

过滤多序列比对结果：GUIDANCE2 Server: Server for alignment confidence score：http://guidance.tau.ac.il/

绘制GO注释结果：WEGO：Web Gene Ontology Annotation Plotting：https://wego.genomics.cn/

PlantTFcat: An Online Plant Transcription Factor and Transcriptional Regulator Categorization and Analysis Tool

BLAST结果可视化：kablammo: Visualize your BLAST results：http://kablammo.wasmuthlab.org/

植物基因家族分类和富集分析：GenFam: Gene Family based classification and enrichment analysis：

生物类文件格式转换： Sequence conversion：https://www.baidu.com/link?url=Qron2MWA_DDHDvotY4K2SCjAGAZpmHjz-ua-xWND7dCUQcRjVUq9BcH1lJyn1a_J&wd=&eqid=fddac9d700000500000000056086328d

在线分析RNA-seq ：https://bioinformatics.cineca.it/rap/

文献检索类：

Pubmed (NCBI)：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/

Google Scholar（镜像）：https://so.hiqq.com.cn/

SCI-HUB：https://sci-hub.se/

中国知网：https://www.cnki.net/

百度学术：https://xueshu.baidu.com/